Optimization of flotation assay conditions for syndapin binding to phosphatidic acid containing liposomes

Magda Piaścik; Jolanta Zegarlińska; Aleksander F. Sikorski; Aleksander Czogalla

doi:10.1515/fobio-2017-0002

Autor

Magda Piaścik University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry
Jolanta Zegarlińska University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry
Aleksander F. Sikorski University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry
Aleksander Czogalla University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry

DOI:

https://doi.org/10.1515/fobio-2017-0002

Słowa kluczowe:

protein-lipid interactions, LUVs, density gradient, ultracentrifugation

Abstrakt

Flotacja jest jedną z najefektywniejszych metod wstępnej identyfikacji oddziaływań białko-błony lipidowe. W większości przypadków wykorzystuje się w niej małe jednowarstwowe pęcherzyki lipidowe, które służą jako modele błonowe i nie wymagają dodatkowych nośników, takich jak membrany czy nanocząstki polimerowe, które są często używane w innych metodach mających na celu identyfikację oddziaływań białkolipid. W poniższej pracy prezentujemy wyniki uzyskane podczas badań oddziaływań kwasu fosfatydowego i syndapiny. Omawiamy także niektóre techniczne aspekty metody, kładąc nacisk na to jak małe zmiany w warunkach metody mogą wpłynąć na otrzymywane wyniki.

Pobrania

Brak dostępnych danych do wyświetlenia.

Bibliografia

Bigay, J., Antonny, B. 2006. Real-time assays for the assembly-disassembly cycle of COP coats on liposomes of defined size. Methods in Enzymology, 404: 5–107.
Google Scholar

Brian J. P., Kent, H. M., Mills, I. G., Vallis, Y., Butler, P. J. G., Evans, P. R., McMahon, H. T. 2004. BAR domains as sensors of membrane curvature: the amphiphysin BAR structure. Science, 303: 495–499.
Google Scholar

Castellana, E. T., Cremer, P. S. 2006. Solid supported lipid bilayers: From biophysical studies to sensor design. Surface Science Reports, 61(10): 429–444.
Google Scholar

Czogalla, A., Grzybek, M. Jones, W., Coskun,Ü. 2014. Validity and applicability of membrane model systems for studying interactions of peripheral membrane proteins with lipids. Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids, 1841(8): 1049–1059.
Google Scholar

Guo, L., Mishra, G., Taylor, K., Wang, X. 2011. Phosphatidic acid binds and stimulates arabidopsis sphingosine kinases. Journal of Biological Chemistry, 286: 13336–13345.
Google Scholar

Kooijman, E. E., Carter, K. M., van Laar, E. G., Chupin, V., Koert N. J., Burger, K. N. J., Kruijff, B. 2005. What makes the bioactive lipids phosphatidic acid and lysophosphatidic acid so Special? Biochemistry, 44: 17007–17015.
Google Scholar

Kunding, A. H., Mortensen, M. W., Christensen, S. M., Stamou, D. 2008. A fluorescence-based technique to construct size distributions from single-object measurements: Application to the extrusion of lipid vesicles. Biophysical Journal, 95(3): 1176–1188.
Google Scholar

Maget-Dana, R. 1999. The monolayer technique: A potent tool for studying the interfacial properties of antimicrobial and membrane-lytic peptides and their interactions with lipid membranes. Biochimica et Biophysica Acta, 1462: 109–140.
Google Scholar

Qualmann, B., Roos, J., Digregorio, P. J., Kelly, R. B. 1999. Syndapin I, a synaptic dynaminbinding protein that associates with the neural Wiskott-Aldrich syndrome protein. Molecular Biology of the Cell, 10: 501–513.
Google Scholar

Quan, A., Robinson, P. J. 2013. Syndapin – A membrane remodelling and endocytic F-BAR protein. FEBS Journal, 280: 5198–5212.
Google Scholar

Ritter, B., Modregger, J., Paulsson, M., Plomann, M. 1999. PACSIN 2, a novel member of the PACSIN family of cytoplasmic adapter proteins. FEBS Letters 454(3): 356–362.
Google Scholar

Srinivas, S. P. G., Caia, B., Vitaleb, N., Naslavskya, N., Caplana, S. 2013. Cooperation of MICALL1, syndapin2, and phosphatidic acid in tubular recycling endosome biogenesis. Molecular Biology of the Cell, 24: 1776–1790.
Google Scholar

Sumoy, L., Pluvinet, R., Andreu, N., Estivill, X., Escarceller, M. 2001. PACSIN 3 is a novel SH3 domain cytoplasmic adapter protein of the pacsin-syndapin-FAP52 gene family. Gene, 262: 199–205.
Google Scholar